中小企業事業再編投資損失準備金とは？M&Aで取得価額の70%を損金算入する経営資源集約化税制の使い方と落とし穴

後継者不在の同業を引き受けるか、思い切って川上の仕入先を買うか——M&Aで会社を一段大きくする絵を、頭の片隅で描いていないでしょうか。

売上5億を超えたあたりから、自社の成長だけでは伸びしろが見えにくくなる。
取引先の高齢化。
職人の引退。
そこに、譲ってくれる相手が現れる。

そのとき、多くの2代目社長が見落とすものがあります。M&Aの買い手を国が税制で後押ししているという事実です。名前を、中小企業事業再編投資損失準備金といいます。

正直に書きます。この制度、名前が長くて硬いせいで、対象になる会社の多くが「知らないまま」M&Aを終えています。株式取得価額の一定割合を、その年の損金にできる。使えたはずの手を、打たずに終わる。もったいない、では済まない金額になることもあります。

私は税理士として、認定経営革新等支援機関の立場でM&A・事業承継の実務に伴走し、複数社の経営会議・取締役会で買収の意思決定の現場に立ち会ってきました。この記事では、制度の数字を条文の原文に当たって整理したうえで、「取崩しで課税が戻る」という落とし穴まで含めて、買い手の社長が本当に知っておくべきことを正直に書きます。

1. 中小企業事業再編投資損失準備金とは何で、なぜM&Aの買い手に効くのか？

結論から書きます。中小企業事業再編投資損失準備金とは、M&Aで他社の株式を買った中小企業が、その取得価額の一定割合を「準備金」として、買った年の損金に算入できる制度です。経営資源集約化税制、とも呼ばれます。

なぜ、こんな仕組みがあるのか。

M&Aで株式を買うという行為は、会計上は資産（子会社株式）の取得です。5億円で株を買っても、それは5億円の資産に姿を変えただけで、その年の費用にはなりません。つまり、大きなお金が出ていくのに、税金は1円も安くならない。

ところが、買った会社が思ったように伸びず、株の価値が下がったら——。含み損は抱えるのに、株を持ち続けている限り損失は実現しません。中小企業のM&Aには、この「買った後に価値が下がるリスク」が常につきまといます。

そこで国は、こう考えました。「買収後の減損リスクに、あらかじめ備えておくお金なら、先に損金にしていい」と。それが、この準備金です。将来の株価下落に備えるという建前で、取得した年に取得価額の一定割合を損金に落とせる。M&Aの買い手にとって、これは初年度の税負担を大きく動かす手になります。

対象になるのは、青色申告をしている中小企業者等が、株式の「購入」によって他社を取得したケースです。ここが最初の分かれ道になります。事業譲渡で買った、合併で取り込んだ、という場合はこの株式取得の枠に乗りません。まず「株を買う形のM&Aかどうか」を押さえてください。

そして、ただ株を買えば使えるわけではありません。前提として、経営力向上計画という国の認定を取っておく必要があります。この順番を外すと制度そのものが使えない——ここが実務で一番つまずくポイントなので、後の章で詳しく書きます。

2. 積立率70%・据置5年・取崩し5年——制度の数字を実務でどう読むのか？

この制度は、数字が命です。まず通常枠（経営力向上計画にもとづく枠）の数字を、順に押さえます。

• 積立率：取得価額の70%——中小企業庁の資料で示されています。5億円で株を買えば、最大3.5億円を準備金として積み立てられます
• 対象になる取得価額：10億円以下——1件の株式取得あたりの上限です
• 損金算入：積み立てた金額を、その年の損金に——積立額がそのままその事業年度の損金になります
• 据置期間：5年——積み立てた年の翌日から5年間は、そのまま置いておけます
• 取崩し：据置後、5年かけて均等に益金算入——5年の据置が明けた後、取り崩して利益に戻していきます

据置と取崩しの部分は、租税特別措置法第56条の原文に当たって確認しました。据置期間について、条文はこう定めています。

「その積み立てられた事業年度（略）終了の日の翌日から五年（略）を経過したもの（略）がある場合には（略）」（租税特別措置法第56条第2項）

取崩しの計算も、同じ第2項に書かれています。据置が明けた準備金を、「六十で除して計算した金額」ずつ益金に算入する、という定めです。60で割る、つまり60か月＝5年をかけて均等に戻していく、という意味です。

ここまでを、一本の時間軸で読み直します。

買った年に、取得価額の70%を損金にする。
そこから5年、手をつけずに置く。
据置が明けたら、そこから5年かけて、少しずつ利益に戻していく。

気づかれたでしょうか。この制度は、税金を「消す」のではなく「後ろにずらす」仕組みだということです。買った年にドンと損金を立て、6年目以降にじわじわ利益として戻す。手前に節税、奥に課税。この構造を頭に入れているかどうかで、制度の使いこなしがまるで変わります。この点は、経験上、間違いなく効いてきます。5章で正面から扱います。

3. 前提になる「経営力向上計画」の認定は、いつ・どう取ればいいのか？

先に結論を書きます。経営力向上計画の認定は、M&A（株式取得）の「前」に取っておくのが原則です。ここを逆順にすると、制度が丸ごと使えなくなります。

経営力向上計画とは、中小企業等経営強化法にもとづく国（主務大臣）の認定制度です。自社の経営状況を分析し、これから何をして経営力を高めるかを計画書にまとめ、認定を受ける。これ自体は、M&A専用の制度ではありません。

この準備金を使う場合、その計画の中に「事業承継等事前調査に関する事項」——平たく言えば、買収先の財務・法務のデューデリジェンス（買収前の調査）に関する記載を盛り込んだうえで認定を受ける必要があります。そして、認定を受けた計画に沿って株式を取得する。この段取りが揃って、はじめて準備金が積めます。

私が現場で何度も見てきたのは、「案件が先に走り、税制が後から追いつかない」失敗です。譲渡の話がまとまり、クロージング直前になって「そういえば税制優遇は？」と聞かれる。だが認定は間に合わない。M&Aは相手のある話で、スピードが命です。だからこそ、買う可能性が見えた段階で、計画の準備だけは先に動かしておく。これは伴走者を入れる価値が最も出る場面です。

認定に関わる根拠条文も、措置法第56条にはっきり書かれています。第3項では、認定が取り消された場合には、準備金を全額取り崩して益金に算入すると定められています。

「中小企業等経営強化法第十八条第二項の規定により同法第十七条第一項の認定が取り消された場合（略）」に該当したときは、その準備金の金額を益金の額に算入する（租税特別措置法第56条第3項第1号イ・柱書 要約引用）

つまり、認定は「取れば終わり」ではありません。計画に書いたことを実行せず認定が取り消されれば、せっかくの節税が吹き飛び、課税が戻ってきます。計画は、出すためではなく、回すために作る。この姿勢は、経営力向上計画に限らず、私が計画づくり全般で社長にお伝えしていることです。前提になる経営力向上計画そのもののメリットと落とし穴は経営力向上計画のメリットとは？で、計画の作り込み方は中小企業の経営計画の作り方で詳しく書いています。

もう一つ、実務上の要件を。措置法第56条第6項は、この準備金を使うには確定申告書に「損金算入に関する申告の記載」と「明細書の添付」が必要だと定めています。決算・申告の実務で、この添付を落とすと適用が受けられません。制度を使う年の申告は、慣れた手で通したいところです。

4. 複数回M&Aでグループ化を狙うなら、拡充枠（100億円・据置10年）をどう使うのか？

ここまでは通常枠の話でした。もし、1件で終わらせず、何社かを続けて買ってグループとして大きくする絵を描いているなら、令和6年度改正で創設された拡充枠——中堅・中小グループ化税制も視野に入ります。

通常枠との違いを、数字で並べます。

• 積立率：最初の取得は90%、2回目以降の取得は100%——通常枠の70%より深く積めます
• 対象取得価額：1億円以上100億円以下——上限が10億円から100億円へ。下限（1億円以上）がつく点に注意
• 据置期間：10年——通常枠の5年より長く置けます
• 根拠になる計画：産業競争力強化法の「特別事業再編計画」の認定——通常枠の経営力向上計画とは別物です
• 対象要件：過去5年以内に取得価額1億円以上のM&Aを1回以上実施していること（グループ内再編を除く）——この実績があってはじめて特別事業再編計画の認定の入口に立てます（中小企業庁）

据置10年の根拠も、措置法第56条第2項に書かれています。第2項は原則5年としたうえで、拡充枠に当たる場合を「十年」と括弧書きで定めています。

「（略）五年（前項の表の第二号の第二欄に掲げる措置として特定法人の株式等の取得をしていた場合における（略）中小企業事業再編投資損失準備金にあつては、十年）を経過したもの（略）」（租税特別措置法第56条第2項）

この拡充枠は、複数回のM&Aで会社を束ねていく中堅・中小企業を後押しするために設計されています。適用期限は、改正法の施行日（2024年9月2日）から2027年3月31日までに認定を受けるもの、とされています（中小企業庁）。

正直に、実務感覚を書きます。拡充枠は積立率も上限も大きく、絵としては魅力的です。ただし、根拠になるのが産業競争力強化法の特別事業再編計画で、通常枠より要件のハードルは上がります。「まず1社、株式取得で買う」段階の会社なら、多くはまず通常枠から。グループ化を本気で走らせる社長のための、上級者向けの枠だと捉えておくのが、私の体感に合います。どちらの枠を狙うかで、取るべき認定が入口から変わるので、初手の設計が肝心です。

5. 「取崩しで課税が戻る」——このデメリットと落とし穴をどう避けるのか？

ここが、この記事で一番読んでほしい章です。言葉を選ばずに書きます。この制度は、節税ではなく課税の繰延べです。使い方を間違えると、得どころか、資金繰りを痛める側に回ることがあります。

落とし穴を、4つ挙げます。

①「後で課税が戻ってくる」ことを忘れる
2章で見たとおり、据置が明ければ準備金は5年（拡充枠は据置10年後）かけて益金に戻ります。買った年に落とした損金は、いずれ利益として顔を出す。ここを「消えた」と勘違いして手取りを計算すると、6年目以降に想定外の課税が乗ってきます。積んだ年の節税額は、将来の課税とセットで見る。これが鉄則です。

②株式を手放すと、その瞬間に全額取り崩し
措置法第56条第3項は、買った株式の全部または一部を「有しないこととなつた場合」には、その分の準備金を益金に算入すると定めています。買収先を将来売却する、あるいは持株を減らす——そのタイミングで、据置期間の途中でも課税が戻ってきます。M&Aの出口（再売却）まで見据えるなら、この即時取崩しは必ず織り込んでおくべきです。

③吸収合併は「適格かどうか」で結論が真逆になる
「買って、しばらくして本体に吸収合併する」という王道プランでは、多くの場合、準備金はそのまま維持されます。措置法第56条第3項第2号は、株式を有しないこととなった場合に準備金を益金へ戻すと定めつつ、そのカッコ書きで準備金を持つ会社（親会社）を合併法人とする適格合併により買収先が解散した場合を、取崩しの対象から除いているからです。適格合併で株式が消えても、準備金は消えません。

「当該中小企業事業再編投資損失準備金に係る特定法人の株式等の全部又は一部を有しないこととなつた場合（次号又は第四号に該当する場合及び当該法人を合併法人とする適格合併により当該特定法人が解散した場合を除く。）（略）」（租税特別措置法第56条第3項第2号）

取崩しになるのは、この除外に当たらないケースです。たとえば適格でない合併で買収先の株式を手放す場合や、準備金を積んだ会社自身が被合併法人となって、その株式を別の会社へ移す場合（第56条第3項第3号）などが該当します。つまり「合併するか否か」ではなく「どういう合併か」で結論が変わる——ここは自己判断せず、統合の順番と合併の適格性を、買う前の設計段階から確認しておくべきです。

④赤字の年に積んでも、うまみが薄い
損金算入の価値は、利益が出ていてこそ効きます。もともと課税所得がほとんど出ていない年に70%を積んでも、節税メリットは小さく、据置後の取崩しだけが残る——本末転倒になりかねません。利益の出ている買い手ほど効く制度だと理解してください。

これらを避ける唯一の方法は、買う前に「積立てから取崩しまでの5〜10年」を一枚の試算表に引いておくことです。私は買収の相談を受けたら、まずこの長い時間軸のシミュレーションを作ります。制度の魅力より先に、戻ってくる課税の姿を見せる。ここまでやって、はじめて「使うべきか」の判断ができます。

6. この制度が「効く会社」と「効かない会社」は、どこで分かれるのか？

正直に、線を引きます。すべてのM&Aで使うべき制度ではありません。

効く会社は、こういう輪郭です。

• 株式の購入によって他社を買う、買い手側の中小企業者等（青色申告）
• 買収する年に、しっかり課税所得が出ている（損金算入の価値を受け取れる）
• 買った会社を、当面は独立した子会社として持ち続ける方針である
• M&Aの前に、経営力向上計画の認定を取る時間的な余裕を作れる

売上5億以上の製造業・卸売業で、後継者不在の同業や仕入先を株式ごと引き受けて伸ばす——という2代目社長の絵は、多くがこの輪郭にきれいに収まります。買った年の税負担を抑え、その分の資金を統合や設備に回せる。制度が本来狙った使われ方です。

逆に、効きにくい・向かない会社もあります。

• 事業譲渡や合併で買う設計——株式取得ではないため、この枠には乗りません
• 買ってすぐ本体に吸収合併する予定——合併の仕方（適格か否か）で結論が変わり、設計を誤ると据置の途中で取崩しになり得ます
• 買収年の利益が薄い——損金算入のうまみが小さい
• 認定を取る時間がまったくない案件——順番を守れないなら見送る判断も要ります

私が伴走の現場で大事にしているのは、「使える制度だから使う」ではなく「この会社のM&Aに合うから使う」という順番です。税制はあくまで道具で、主役はM&Aそのもの。道具に合わせて買収スキームを歪めるのは、本末転倒です。制度が合わないなら、正直に「今回は使わないほうがいい」とお伝えします。M&Aや財務全体を税理士に伴走してもらう意味については、税理士が財務コンサルとして伴走するメリットにまとめています。

そして、この判断の土台になるのは、結局は決算書です。自社の課税所得の出方、買収先の粗利構造、統合後の返済余力——数字が読めていないと、制度が効くかどうかの入口にすら立てません。決算書の読み方そのものは経営者のための決算書の読み方で解説しています。

7. よくあるご質問（FAQ）

Q1. 中小企業事業再編投資損失準備金は、取得価額の何%まで積み立てられますか？

通常枠（経営力向上計画にもとづく枠）は、株式の取得価額の70%までです（中小企業庁）。1件の取得価額の上限は10億円以下です。複数回M&Aを対象とする拡充枠（中堅・中小グループ化税制）では、最初の取得が90%、2回目以降の取得が100%まで、取得価額は1億円以上100億円以下となります。どちらの枠を使うかで、前提となる認定計画が異なります。

Q2. 積み立てた準備金は、いつ・どう取り崩すのですか？

通常枠では、積み立てた事業年度の翌日から5年間の据置期間があり、それが経過した後、5年（60か月）かけて均等に益金へ算入して取り崩します（租税特別措置法第56条第2項）。据置期間の途中でも、買った株式を手放した場合や認定が取り消された場合などは、その時点で該当分を益金に算入します（同条第3項）。取崩しは利益として課税されるため、「積立時の節税」と「取崩し時の課税」は必ずセットで試算してください。

Q3. この制度は節税になるのですか、それとも課税の先送りですか？

本質は課税の繰延べ（先送り）です。買った年に損金を計上して税負担を前倒しで軽くし、据置期間の後に益金として戻すため、生涯の税額そのものが消えるわけではありません。ただし、買収初年度に手元資金を厚く残せる効果は大きく、その資金を統合や設備投資に回せる点に価値があります。利益が出ている買い手ほど効果を実感しやすい制度です。

Q4. 事業譲渡や合併でM&Aをする場合も使えますか？

この準備金は「株式（出資）の購入による取得」を対象にしているため、事業譲渡や合併というスキームには基本的に乗りません。同じ「会社を買う」でも、株式取得の形かどうかで使えるかが変わります。スキームを決める前段階から、税制の適用可否を含めて設計することをおすすめします。

Q5. 経営力向上計画の認定は、M&Aの後からでも取れますか？

原則として、認定を受けた計画に沿って株式を取得する流れが必要で、M&Aより「前」に認定を取っておくのが基本です。案件のクロージングが先行してしまうと、制度が使えなくなる恐れがあります。買収の可能性が見えた早い段階で、計画づくりと認定申請の準備を並行して進めてください。

Q6. 制度の適用期限はいつまでですか？

通常枠は、事業承継等事前調査に関する事項を記載した経営力向上計画の認定を2027年（令和9年）3月31日までに受ける場合が対象とされています。拡充枠（中堅・中小グループ化税制）は、改正法の施行日である2024年9月2日から2027年3月31日までに特別事業再編計画の認定を受ける株式取得が対象です（中小企業庁）。税制は改正で期限が動くことがあるため、実行前に最新の情報を確認してください。

Q7. 大阪の会社ではありませんが、M&Aと税制の相談はできますか？

できます。当事務所は大阪市淀川区ですが、オンラインで全国対応しています。M&Aの税制活用は、決算書とM&A案件の概要を事前に共有いただければ、初回からオンラインで具体的な段取りの議論が可能です。案件が動く前のご相談ほど、打てる手が多く残ります。

8. まとめ｜制度を知っているかどうかで、M&Aの手取りは変わる

中小企業事業再編投資損失準備金を、買い手の社長の目線で整理してきました。要点はこうです。

• 仕組み——株式取得価額の70%（拡充枠は最大100%）を、買った年の損金に積み立てられる
• 時間軸——据置5年（拡充枠10年）の後、5年かけて益金に戻す。消えるのではなく後ろにずれる
• 前提——経営力向上計画の認定を、M&Aの「前」に取っておくのが原則
• 落とし穴——取崩しで課税が戻る／株式を手放すと即取崩し／申告書の明細書添付が必須
• 向き不向き——株式取得・利益の出ている買い手・当面は保有継続、の会社に効く

この制度の怖いところは、間違えて損をすることより、知らずに使わずに終わることのほうが、はるかに多いという点です。名前が硬いだけで、対象になる会社は決して珍しくありません。

同じ規模のM&Aをするのに、片方の社長は初年度に取得価額の7割を損金にして、その資金を統合に回す。もう片方の社長は、制度の存在すら知らないまま、満額の税負担で買収の年を終える。両者の差は、才能でも資金力でもありません。買う前に、この制度の名前を知っていたかどうか——ただ、それだけです。

あなたのM&Aは、どちらの側で終わるでしょうか。案件が動き出す前の今こそ、打てる手を確かめておくときです。

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